בשל האופי האלקליני החזק של תמיסת נתרן הידרוקסיד, יש לשים לב להגנה על אנשי החיטוי במהלך החיטוי כדי להימנע משריפת בני אדם ובעלי חיים; בעת חיטוי, יש להרחיק את בעלי החיים והעופות מהבית; לנתרן הידרוקסיד השפעה בוערת על העור והאיברים ואינו יכול לשמש לחיטוי בעלי חיים; לנתרן הידרוקסיד השפעה קורוזיבית על טקסטיל ומוצרי אלומיניום, ולא ניתן לחטא מוצרים כאלה בתרופה זו; לאחר חיטוי בעלי חיים ועופות וכלים בתמיסת נתרן הידרוקסיד במשך חצי יום, יש צורך לשטוף אותם במים נקיים כדי למנוע שריפת הפרסות או העור של בעלי חיים ועופות; יש לחטא מכוניות ואוניות המובילות בעלי חיים ועופות בתמיסת נתרן הידרוקסיד למשך 6-12 שעות בלבד, ולאחר מכן לשטוף במים נקיים כדי למנוע קורוזיה ונזקים.
שפר באופן סביר את אפקט החיטוי. ישנן מספר שיטות להגברת אפקט החיטוי בעת שימוש בנתרן הידרוקסיד לחיטוי: חימום תמיסת הנתרן הידרוקסיד ישפר את אפקט החיטוי, וככל שהטמפרטורה והריכוז גבוהים יותר, כך אפקט החיטוי טוב יותר; הוספת כמות מתאימה של נתרן כלורי לתמיסת הנתרן הידרוקסיד יכולה לשפר את אפקט החיטוי.